Le università medioevali sono una evoluzione delle scuole cattedrali o episcopali, alcune delle quali vennero riconosciute come "studium generale" destinato a ricevere studenti di qualsiasi nazionalità, che ben presto affluirono in massa. Il grande aumento della popolazione studentesca e del corpo docente fecero si che entrambe si organizzassero come ogni altra corporazione medioevale, o "universitas", con propri statuti e propri dirigenti.
I tipi di organizzazione furono due: il bolognese e il parigino.
A Bologna prevalse la "universitas scholarium", cioè la corporazione studentesca, che nominava il "rector" (ovviamente uno degli studenti), assumeva con regolare contratto i propri docenti, e aveva in mano l'amministrazione e il governo dell'università. La grande corporazione studentesca si distingueva in 4 associazioni, secondo la provenienza degli studenti, e dette perciò "nationes". I capi delle "nationes" affiancavano il rettore nel governo dell'università. Il modello bolognese fu seguito perlopiù dalle altre università che sorsero in Italia, di cui le prime furono, dopo Bologna (1158), Padova (1221), Napoli (1224), Macerata (1290), Roma (1303), Perugia (1308), Pisa (1329), Siena (1357), Pavia (1361), Ferrara (1391). O tempora, o mora!
L'altro tipo fu quello dell'università parigina, che sorse come corporazione unitaria dei docenti e degli studenti, "universitas magistrorum et scholarium", della cattedrale di Notre-Dame. In essa prevalsero i docenti, sempre però sotto il controllo del "cancelliere", rappresentante del vescovo.
Il modello parigino fu seguito dall'università inglese di Oxford, che tuttavia rimase meno direttamente sottoposta al controllo papale rispetto a quella di Parigi, e acquistò molto presto una maggiore autonomia. All'università di Parigi seguirono in Francia quelle di Montpellier (1220) e la Sorbona (1257).
Fra i sec. 15° e 17° le università in Europa rimasero virtualmente libere, anche se legate in qualche misura alle sfere ecclesiastiche. Nei sec. 18° e 19° invece si sviluppò un processo di laicizzazione che quasi ovunque fece passare le università nell'ambito degli stati.
In Italia tutto l'ordinamento scolastico ebbe la sua origine nella legge Casati del 1859. E rimase poi sostanzialmente immutato, almeno nel suo carattere fondamentale di sistema eccessivamente centralizzato. Sebbene infatti la riforma Gentile del 1923 avesse concesso maggiore autonomia alle università e maggiore libertà agli studenti nella formazione del piano di studi, con le successive disposizioni del 1933 e del 1938 si ritornò in gran parte al vecchio e rigido sistema che rimase inalterato fino a oggi.
Il carattere statalista, autoritario e antidemocratico dell'università italiana é ormai unico in Europa, per non parlare degli Stati Uniti.